Маньчжуры огородили лагерь деревянной стеной, но казаки уничтожили ее. Тогда неприятели возвели вокруг своего лагеря земляной вал и поставили на нем пушки. 1 сентября маньчжуры попытались штурмовать крепость, но были отбиты с большими потерями. В сентябре от вражеского ядра погиб воевода Толбузин. Оборону возглавил полковник Бейтон. Так как обстрел крепости маньчжурами не дал результатов, то они блокировали ее, а в мае 1688 г. даже отступили на 4 версты от крепости.

К тому времени в крепости осталось в живых всего 66 бойцов, остальные пали в боях и умерли от цинги. Но и неприятель потерял более половины своих солдат. В это время в стан маньчжуров прибыл из Пекина гонец с повелением богдыхана прекратить осаду под тем предлогом, что о разграничении земель начались переговоры с царским представителем. Маньчжуры сняли осаду и 30 августа 1688 г. возвратились в Айгунь (53, с .33).

Москва прислала в Нерчинск своим уполномоченным по заключению договора с Китаем окольничего Федора Алексеевича Головина. Вторым лицом на переговорах был нерчинский воевода Иван Астафьевич Власов. В январе 1689 г. Ф.А. Головину удалось заключить договор с монгольскими ханами о нейтралитете, то есть они обязались не помогать китайцам и не произодить нападения на русские « окраинные города» в Забайкалье.